Наиболее специфичным является аудит ущерба агроэкосистемам, наносимого стихийными природными явлениями, которыми так и изобилует географическая среда Дальневосточного региона. Важным также является аудит по переводу коренных природных экосистем региона в искусственные агроэкосистемы в силу того, что подобная перестройка в местных условиях носит радикальный характер и является многозатратной. Видятся два пути оптимизации природопользования и повышения эколого-экономической эффективности сельскохозяйственного производства на мелиорированных землях Дальнего Востока. Во-первых, рационализация природопользования на основе применения системы экологического аудита. Во-вторых, поиск новых источников энергии. К их числу можно отнести, например, использование энергии муссонных паводков, рельефных условий для реализации самотечного орошения, восстановление плодородия почв за счет использования рациональных севооборотов, паровых и гребневых мелиорации и прочих природных факторов, естественные способы защиты от эрозии, биологические методы борьбы с вредителями и болезнями, улучшение микроклиматических условий за счет применения агролесомелиорации и т. д. Поскольку экологический аудит в российской практике делает еще только первые шаги, то вышеприведенные положения можно оценивать как предварительные, которые несомненно претерпят корректировку.